Il film è ambientato dieci anni dopo il combattimento, sul ponte di San Francisco, tra umani e scimmie rese più evolute da un virus creato involontariamente dall'uomo.
La razza umana è quasi estinta dal virus che si è rivelato per loro letale, le uniche persone ancora in vita hanno creato una piccola comunità i cui individui sono riusciti a sviluppare una forma di immunità.
Dall'altra parte le scimmie, ancora capitanate da Cesare, sono ormai convinte che gli umani non esistano più e si sono rifugiate nella foresta, vivendo in pace e creando una loro piccola città.
L'uomo però ha bisogno di elettricità e decide di sfruttare una diga, vicino al villaggio delle scimmie, dove però avverrà un incontro che determinerà una spaccatura tra chi vuole la guerra e chi vuole vivere in pace.